微生物在水体生态系统物质能量循环中起到非常重要的作用，是水体污染物降解的主力军，但在部分污染水体中，微生物群落结构遭到破坏，生态功能退化。微生物降解技术以对土著微生物的激活或者外来微生物的投加为手段，利用酵母菌、光和细菌等多种有益菌群的协同作用，达到对水体污染物的有效降解。